В начале 2008 года Мишель снова была сфотографирована с Мартинесом, обедающая в отеле Chateau Marmont Hotel в Лос-Анджелесе, где актер остановился. Репортеры утверждали, что Мишель была также замечена, выходящей с утра из этого отеля.

В ноябре 2008 года, во время интервью доминиканскому журналу Cayena, Родригес окончательно заявила, что она не лесбиянка.

В октябре 2013 года в интервью Entertainment Weekly Мишель сказала, что она бисексуальна.

В начале 2014 года в СМИ появилась информация, что Мишель Родригес встречается с британской топ-моделью Карой Делевинь. Позже они расстались, и у Мишель начался роман с актёром Заком Эфроном.

В марте 2002 года Родригес была арестована и обвинена в нападении на свою соседку по комнате.

В ноябре 2003 года Родригес была вызвана в суд по обвинению в двух дорожных происшествиях: 22 июля она покинула место ДТП после того, как сбила мотоциклиста. А 4 ноября она превысила скорость при проезде через перекрёсток, будучи в нетрезвом состоянии. В обоих случаях у неё на время приостанавливали действие водительских прав.
В июне 2004 предстала перед судом в Лос-Анджелесе с нежеланием оспаривать эти три обвинения: покидание места ДТП, езда в нетрезвом виде и вождение с приостановленными водительскими правами. Её посадили в тюрьму на 48 часов и предписали выполнять общественные работы в двух моргах и больницах Нью-Йорка. Завершив трёхмесячную программу отучения от алкоголя, она получила испытательный срок на 3 года.

В 2005 году во время съёмок «Остаться в живых» на Гавайях, Родригес было многократно приказано остановиться: она ехала со скоростью 83 миль в час вместо положенных 55. 1 ноября она была оштрафована на 357 долларов, заплатила 300 долларов штрафа за превышение скорости (90 при разрешённой 35) 20 октября, а также была оштрафована 24 августа на 197 долларов за езду со скоростью 80 миль в час при разрешённых 50.

Родригес и её коллега по сериалу «Остаться в живых» Синтия Уотрос, которая ехала на другой машине, были остановлены и арестованы утром 1 декабря 2005 на Гавайях, обе не прошли тесты на алкоголь. Им пришлось заплатить залог 500 долларов. Полицейские снимки были выложены на сайте Smoking Gun. Родригес обращалась с просьбой не предъявлять обвинение, но в апреле 2006, она предстала перед судом за вождение в нетрезвом виде. Она выбрала штраф 500 долларов и 5 дней в тюрьме вместо 240 часов общественных работ. В течение мая 2006 в интервью телекомпании ABC в шоу Good Morning America, Родригес сказала, что суровые испытания принуждают её взрослеть. Обстоятельство того, что она и Синтия Уотрос были убиты в сериале, воспринялся многими фанатами, как результат их ареста, однако Родригес и продюсеры заявили, что их уход из шоу был запланирован ещё в начале сезона, а аресты — это только совпадение.

В связи с тем, что инцидент на Гавайях являлся нарушением её Лос-Анджелесского испытательного срока, Родригес была приговорена к тюремному заключению на 60 дней и 30-дневной программе по лечению от алкогольной зависимости, а также к 30 дням общественных работ 1 мая 2006 года. В связи с переполненностью тюрьмы, она была освобождена в тот же день, как села. В июне 2006 ей пришлось выполнять постановление суда, то есть заниматься общественными работами.