
В 1993 году Олдмен сыграл дьявола в промо-видео к песне «Since I Don't Have You» группы Guns N’ Roses и вошёл в состав членов жюри 46-го Каннского кинофестиваля. Роль коррумпированного нью-йоркского полицейского в картине «Ромео истекает кровью» снова была высоко оценена за естественность исполнения и убедительный нью-йоркский выговор, но сам фильм был раскритикован за слабые сценарий и режиссуру. Олдмен стал популярным исполнителем ролей «плохих парней»: он играл жестокого сутенёра Дрексла Спайви в «Настоящей любви», тюремного надзирателя с садистскими наклонностями Милтона Гленна в «Убийстве первой степени», промышленника-тирана Жана-Батиста Эммануэля Зорга в «Пятом элементе» и доктора Закари Смита в коммерчески успешном, но недооценённом критиками фильме «Затерянные в космосе».
Особый успех у зрителей имела роль коррумпированного полицейского из отдела по борьбе с оборотом наркотиков, садиста и наркомана Нормана Стэнсфилда, который в картине Люка Бессона «Леон» убил семью героини Натали Портман и преследовал её саму. По словам Джанет Маслин, герой Олдмена воплощает отличительные черты фильма — садизм и ложное чувство утончённой сентиментальности, возникающее, например, когда Стэнсфилд находит в атмосфере затишья перед перестрелкой что-то похожее на музыку Бетховена. Эксцентричную игру Олдмена высоко оценили Ричард Шикель из Time и Марк Салисбери из Empire. Джин Сискел, в свою очередь, критиковал актёра за то, что он «переигрывал». Персонаж Олдмена занял 43 место в списке «100 злодеев всех времён», составленном «Онлайн-сообществом кинокритиков».
В 1994 году Олдмен сыграл немецкого композитора Людвига ван Бетховена в биографической драме Бернарда Роуза «Бессмертная возлюбленная». Картина не была особо успешна в прокате и вызвала неоднозначную реакцию критиков. Но роль Олдмена, который изобразил композитора, борящегося с глухотой и одолеваемого любовью к племяннику Карлу и ненавистью к его матери, была высоко оценена Роджером Эбертом и Джанет Маслин. В 2011 году журнал Total Film поставил исполнение роли Бетховена четвёртым в списке «10 лучших ролей Гэри Олдмена».
Самая главная неудача Олдмена 1990-х годов — «Алая буква», экранизация одноимённого романа Натаниэля Готорна, в которой актёр исполнил роль Артура Димсдейла. Фильм провалился в прокате и получил очень плохую прессу. На сайте Rotten Tomatoes рейтинг фильма составляет 14 процентов на основании 35 рецензий. Помимо этого, картина была выдвинута на семь «Золотых малин», в том числе и в категории «Худшая экранная пара», в которой номинировались Олдмен, Роберт Дюваль и Деми Мур.
Среди других заметных киноролей актёра того периода: русский террорист Иван Коршунов в блокбастере «Самолёт президента», конгрессмен Шелдон Раньон в «Претенденте» и миллионер Мейсон Верджер, единственная выжившая жертва доктора Ганнибала Лектера в «Ганнибале». В «Претенденте», который Олдмен также продюсировал, его персонаж — беспринципный сенатор-республиканец, добивающийся снятия кандидатуры номинантки на пост вице-президента США от демократов. За роль в «Претенденте» Олдмен был номинирован на премию Гильдии киноактёров США в категории «Лучшая мужская роль второго плана». По словам Эберта, персонаж Олдмена «с угрюмыми очками, жестоким ртом и кудрявыми локонами, топорщащимися над лысиной» относится к той категории мужчин, которые «в старших классах скорее выяснят, кто спит с чирлидершей, чем переспят с ней сами». Выделяли игру Олдмена и другие рецензенты. В роли Верджера, согласно сюжету изуродованного до неузнаваемости, Олдмен скрывал лицо под слоем грима, нанесение которого занимало по пять часов. Однако имя Олдмена не появилось в титрах картины. По словам продюсера фильма Марты де Лаурентис, Олдмен настаивал, чтобы его имя в титрах стояло рядом с именами исполнителей главных ролей — Энтони Хопкинса и Джулианны Мур — и, получив от продюсеров отказ, едва не покинул проект. Сам Олдмен в интервью IGN объяснил решение снять своё имя с титров фильма тем, что счёл забавным сыграть человека «без лица» «анонимно».
В 2001 году Олдмен номинировался на премию «Эмми», сыграв педантичного актёра Ричарда Кросби в двух эпизодах популярного телесериала «Друзья».
После выхода «Ганнибала» в феврале 2001 года и вплоть до начала 2004 года Олдмен не снялся ни в одном полнометражном фильме. На протяжении этого периода актёр сыграл в почти незамеченных кинокритиками картинах «Трасса 60» и «Маленькие пальчики», а также озвучил несколько видеоигр.
В 2004 году удача возвратилась к Олдмену в виде серии фильмов о Гарри Поттере, где он сыграл крёстного отца Гарри — Сириуса Блэка. Во время съёмок Олдмен и актёр Дэниел Рэдклифф, сыгравший самого́ волшебника, стали хорошими друзьями. О игре Олдмена в фильме «Гарри Поттер и узник Азкабана» кинокритик интернет-журнала Salon Стефани Захарек писала:
Гэри Олдмен и Дэвид Тьюлис олицетворяют мрачное настроение фильма, их игра балансирует на грани эмоциального расстройства.
В следующем году актёр получил предложение сыграть в новом проекте Кристофера Нолана «Бэтмен: Начало», где ему предназначалась роль комиссара полиции Джеймса Гордона. Фильм собрал большую кассу по всему миру и был положительно встречен кинокритиками. В 2008 году Нолан снял ещё более успешный сиквел — «Тёмный рыцарь», который получил более миллиарда долларов кассовых сборов по всему миру и восторженную прессу. Роль Олдмена также не прошла незамеченной: актёр получил премии Scream Awards и People’s Choice Awards. Гэри Олдмен вернулся к роли комиссара Джеймса Гордона в заключительной части трилогии о Бэтмене — фильме «Тёмный рыцарь: Возрождение легенды», который вышел в 2012 году.
В 2009 году Олдмен вместе с Джимом Керри озвучил три роли в 3D-фильме Роберта Земекиса «Рождественская история». В следующем году актёр согласился участвовать в трёх проектах: боевике «Книга Илая», детективной мелодраме «Красная шапочка» и мультфильме «Кунг-фу панда 2», где актёр озвучил лорда Шэнь.